Bayern München trong giai đoạn 1991 - 2001:
Trong mùa bóng 1991 - 1992, Jupp Heynckes buộc phải chia tay với Bayern và Soeren Lerby lên thay. Thế nhưng FC Bayern vẫn trên đà xuống dốc và có nguy cơ bị xuống hạng. HLV Erich Ribbeck lao vào chữa cháy với sự hậu thuẫn của hai cựu cầu thủ Bayern là Beckenbauer và Rummenigge trên cương vị phó chủ tịch CLB. Nhưng Ribbeck cũng không thành công và F. Beckenbauer đã phải nhảy vào cuộc, mang lại cho đội danh hiệu vô địch bóng đá Đức năm 1994.

Sau đó là triều đại của HLV Giovanni Trapattoni, một người được các cầu thủ và giới thông tin đại chúng yêu thích nhưng đã không mang lại cho FC Bayern thành tích mong đợi. FC Bayern chỉ xếp thứ sáu trong mùa bóng 1994 - 1995 và bị loại trong trận bán kết cup C2 trước Ajax Armsterdam.

Sau Trapattoni là HLV Otto Rehhagel cùng các ngôi sao như Klinsmann, Herzog và Sforza. Rehhagel đã đưa FC Bayern lọt vào trận CK Cup UEFA, sau khi loại Barca ở vòng bán kết với trận thắng 2 -1 ngay trên sân Nou Camp (lượt đi hoà 2 -2 trên sân nhà). Cho đến nay các cổ động viên Bayern vẫn nhớ như in những khoảnh khắc hào hùng trên sân Nou Camp (Babbel là cầu thủ ghi bàn quyết định). Thế nhưng, HLV Rehhagel lại không trụ được ở Bayern đến trận chung kết. Một lần nữa Beckenbauer lại phải vào cuộc, dẫn dắt FC Bayern thắng Bordeaux của Zidane, Duggary và Lizarazu 2 - 0 và 3 - 1 ở chung kết và mang về Munich chiếc Cup UEFA (FC Bayern trở thành một trong 4 CLB đã giành được cả 3 Cup Châu Âu), mặc dù đành phải nhường chức vô địch quốc gia mùa bóng 1996 cho Borussia Dortmund.

Sau đó Beckenbauer lại nhường chỗ cho HLV bậc thầy Giovanni Trapattoni, người mang lại cho FC Bayern chức vô địch bóng đá Đức năm 1997 và Cup QG 1998.

HLV Ottmar Hitzfeld đã kế tục Trapattoni và mang lại cho FC Bayern bước nhảy vọt vào thiên niên kỷ mới: 3 lần liên tiếp đoạt chức vô địch quốc gia Đức 1999, 2000 và 2001. Cup quốc gia 2000 và Cup C1 năm 2001. Ngay trong mùa bóng đầu tiên, HLV Hitzfeld đã mang lại cho FC Bayern chức vô địch lần thứ 15, lọt vào trận chung kết Cup QG và trận chung kết Champions League. Nhưng trong hai trận CK trên FC Bayern đã không gặp may. Đội đã để tuột khỏi tay chiếc Cup Champions League vào những giây phút cuối cùng của trận chung kết gặp Manchester United và tại Cup QG thua Werder Bremen trong thi đá 11m.

Giờ đây với việc đoạt Cup Champions League 2001 cũng như chức vô địch quốc gia mùa bóng 2000 - 2001, Bayern München bước vào thiên niên kỷ mới với một sự tự tin và rõ ràng là nó đang trở lại thời hoàng kim của mình.